Présentation de la formation

Flyer-résumé à télécharger (.pdf)

Une formation à l’interface des Sciences du Vivant et de l’Informatique

L’objectif est de former des chercheurs et des ingénieurs d'excellence dans les techniques modernes de la bioinformatique oeuvrant dans les domaines biologiques actifs de la génomique, du transcriptome, du protéome mais aussi de la biologie systémique, domaine en émergence.

La formation vise à doter les étudiants non seulement de solides compétences théoriques sur les nouvelles approches biologiques et bioinformatiques actuelles, mais aussi de compétences pratiques grâce à la réalisation de nombreux projets individuels ou collectifs. A l’issue de leur formation, une autonomie et une capacité de gestion de projets en adéquation aussi bien avec le travail dans un laboratoire académique qu’en entreprise doivent être acquises. Cet aspect est renforcé dans la formation actuelle grâce à de nouveaux modules informatiques et professionnalisant aussi bien en M1 qu’en M2. Du point de vue biologique, l’accent est mis sur l’aspect intégratif des approches allant du génome au métabolome via le transcriptome et le protéome. L’évolution extrêmement rapide des techniques et le recouvrement de plus en plus grand des champs explorés justifie ce choix.

Le master Biologie-Informatique/Bioinformatique (BIB) se place donc dans une perspective pluridisciplinaire associant les domaines des Sciences du Vivant et de l’Informatique.

Une formation de qualité répartie sur deux années

M1

Une première année de master qui allie théorie et pratique

La première année M1 du master Biologie-Informatique/Bioinformatique se présentera sous la forme :

  • d'un premier semestre (S1) de formation de base composé d'un tronc commun d'enseignements de Bioinformatique, de Biologie Structurale et de Génomique , assurés par les enseignants de l'UFR Sciences du Vivant et de l’UFR d’Informatique
  • d'un second semestre (S2) de spécialisation composé d’une UE de Simulation en Biologie, d’une UE de spécialisation (quatre options au choix) et d’une UE de professionnalisation incluant un stage pratique de 3 mois dans un laboratoire de recherche ou du privé, français ou étranger.
M2

Un apprentissage de la recherche et du travail en entreprise en seconde année

  • Le premier semestre dit «semestre d’approfondissement», comporte une formation théorique approfondie accompagnée d’une mise en pratique sous forme de projets (personnels ou binômes). Le semestre comprend 5 UE obligatoires et 1 UE d’option. L’enseignement regroupe les 3 thèmes majeurs de la bioinformatique, qui va de l’analyse des données de génomes, du transcriptome, à l’exploration structurale in silico des biomolécules jusqu’à la biologie intégrative. Les projets (bio)-informatiques sont de complexité croissante. Ils visent à renforcer les compétences techniques, à développer les capacités d’analyse et de synthèse de l’étudiant, à le familiariser au travail en équipe afin de le préparer aux contraintes du monde professionnel.
  • d'un second semestre (S2) de spécialisation composé d’une UE de Simulation en Biologie, d’une UE de spécialisation (quatre options au choix) et d’une UE de professionnalisation incluant un stage pratique de 3 mois dans un laboratoire de recherche ou du privé, français ou étranger.

La participation importante de scientifiques, d’enseignants-chercheurs et chercheurs d’EPST (CNRS, INSERM, INRA) dans les domaines de la génomique, du protéome et du transcriptome est un élément essentiel dans cette formation à et par la recherche.


Programme du M1 - 2018/2019

Contenu détaillé des UEs à télécharger (.pdf)

UE Facultative - Mises à niveau - UE Initiation UNIX et C - UE Bases méthodologiques niveau I Semestre S1 - 30 ECTS Formation de base Parcours bioinformatique Parcours informatique pour biologistes UE1 Génomique et Biologie Structurale (9 ECTS) - EC1 Génomique (2 ECTS) - EC2 Structure des molécules biologiques (2 ECTS) - EC3 Enzymologie (2 ECTS) - EC4 Bioinformatique structurale niveau I (3 ECTS) UE2 Bioinformatique (9 ECTS) - EC1 Bioinformatique génomique niveau I (3 ECTS) - EC2 Analyse de données en biologie (3 ECTS) - EC3 Optimisation et apprentissage en biologie (3 ECTS) UE3 Orientation en informatique (9 ECTS) - EC1 Outils en bioinfo - EC2 Algo. niveau II - EC3 Prog. niveau II UE3 Orientation en informatique (9 ECTS) - EC1 Prog. niveau I - EC2 Algo. niveau I - EC3 Base de données UE4 Communication (3 ECTS) - EC1 Anglais (2 ECTS) - EC2 Séminaires bibliographiques (1 ECTS) Semestre S2 - 30 ECTS Mise en pratique Parcours bioinformatique Parcours informatique pour biologistes UE2 Spécialisation (15 ECTS) - Outils d'analyse des génomes - 4 ECs au choix UE2 Spécialisation (15 ECTS) - Outils d'analyse des génomes - Projet informatique - 3 ECs au choix UE3 Professionalisation (15 ECTS) - EC1 Rech. et dévelop. en entreprise (1 ECTS) - EC2 Stage de recherche (14 ECTS)

- Pas de compensation entre UE mais compensation à l'intérieure des UEs
* Stage avec autorisation du jury du S1


Débouchés

Le M2 de Biologie-Informatique/Bioinformatique est une suite logique au M1 de Biologie-Informatique/Bioinformatique, mais d’autres M2 orientés plus méthodologie accueillent avec interêt les étudiants ayant validé le M1. Cette formation offre de nombreux débouchés avec une forte demande sur le marché de l’emploi

Exemple d’offres d’emplois sur le site de la Société Française de Bioinformatique et consulter les archives (http://listes.sfbi.fr/wws)


Equipe pédagogique

BADEL-CHAGNON A. (MC P7) - MTi, Inserm U973 - Université Paris Diderot/P7 CAMPROUX A.-C. (Pr P7) - MTi, Inserm U973 - Université Paris Diderot/P7 CAULET N. (MC P7) - Université Paris Diderot/P7 CECCALDI P.E. (Pr P7) - Institut Pasteur, Université Paris Diderot/P7 CHROBOCZEK J. (MC P7) - PPS, Université Paris Diderot/P7 DAIROU J. (MC P7)- CNRS UMR8601-LCBPT, Université Paris Descartes DROIT A. (Pr Université Laval)- Université de Laval, Canada DE MONGOLFIER F. (MC P7)- LIAFA, Université Paris Diderot/P7 DUPRET J.M. (Pr P7)- BFA-CNRS UMR 8251, Université Paris Diderot/P7 DUPREY P. (MC P7)- Université Paris Diderot/P7 ESKIIZMIRLILER S. (MC P7)- Inserm U742 FAULON J.L. (DR INRA)- Institut de Biologie systèmique et synthétique (ISSB) - EA 4527 FLATTERS D. (MC P7)- MTi, Inserm U973 - Université Paris Diderot/P7 FUCHS P. (MC P7)- LBM-UMR 7203, Université UPMC GRUBER V. (Pr P7)- IPS2 Institut des Sciences des Plantes-Paris-Saclay GUYON F. (IR P7)- MTi, Inserm U973 - Université Paris Diderot/P7 JANEL N. (Pr P7)- BFA, Université Paris Diderot/P7 JURSKI Y. (MC P7)- LIAFA, Université Paris Diderot/P7 KIRCH O. (MC P7)- UMR 7216, Université Paris Diderot/P7 LAPLANTE S. (Pr P7)- LIAFA, Université Paris Diderot/P7 MANTACI R. (MC P7)- LIAFA, Université Paris Diderot/P7 MARTIN-VERSTRAETE I. (Pr P7)- URA CNRS 2171, Institut Pasteur MOROY G. (MC P7)- MTi, Inserm U973 - Université Paris Diderot/P7 PADOVANI V. (MC P7)- PPS, Université Paris Diderot/P7 PAGANI M. (Pr P7)- PPS, UMR CNRS 7126- Université Paris Diderot/P7 PRECIOUS B. ( P7)- Lansad, EILA - Université Paris Diderot/P7 REGAD L. (MC - P7)- MTi, Inserm UMR 973 - Université Paris Diderot/P7 RODRIGUES-LIMA F. (Pr P7)- BFA, Université Paris Diderot/P7 TOUPANCE B. (MC P7)- UMR 7206 (CNRS/MNHN/P7) VAN der WERF S. (Pr P7)- CNRS UMR 3569, Institut Pasteur ZIELONKA W. (Pr P7)- LIAFA, Université Paris Diderot/P7