Transfert d'information et signalisation de la membrane au noyau
Identification de séquences impliquées dans l'expression génique
La transduction du signal : généralités
Les récepteurs membranaires (récepteurs couplés à des protéines G, récepteurs à activité kinase, récepteurs couplés à
des kinases cytoplasmiques) et nucléaires (récepteurs aux hormones stéroïdiennes et à l'acide rétinoïque)
La voie JAK/STAT
La voie NFKB, les MAP kinases
Exemple de modèles intégrés
Le génome de levure, Plasmodium et drosophile
Exemples d'utilisation de l'étude du transcriptome et du protéome en pathologie
Cancer du sein
Mucoviscidose, asthme
Myopathie de Duchenne
Maladie d'Alzheimer
Compétences visées :
Etudier les mécanismes qui permettent à une cellule, un tissu et un organisme de recevoir, interpréter et répondre aux signaux
émis par d'autres cellules ou par son environnement.
Etudier les techniques d'analyse combinées des données de génomique et de protéomique en pathologie.
30ME15BI - Structure des molécules biologiques (2 ECTS) Enseignant : Demont-Caulet N.
Responsable pédagogique : Demont-Caulet N.
Pré-requis : Notions élémentaires de chimie, physico-chimie et biochimie
Objectif :
Appréhender la structure 3D des principales macromolécules biologiques et leurs interactions par des techniques physico-chimiques variées.
Lien avec la bioinformatique structurale
Programme :
Structure 3D des protéines
Méthodes physico-chimiques d'étude des macromolécules : absorption, UV, fluorescence, dichroïsme circulaire,
spectrométrie de masse
La structure de l'ADN
Les interactions ADN/protéine et la régulation de la transcription.
Bibliographie :
Introduction to protein structure, Branden and Tooze
Chimie Fondamentale Vol I (Echanges d'énergie et équilibres) JC. Chottard, JC. Depezay et JP. Leroux (Ed. Hermann)
Pré-requis : Notions élémentaires de physico-chimie et de biochimie
Objectif / Compétences visées :
Bases théoriques des analyses de cinétique enzymatique. Acquisition des connaissances nécessaires pour
l'interprétation des paramètres enzymatiques. Aperçus concernant les applications en Pharmacologie.
Programme :
Cours 1 Rappels Cinétiques
Cours 2 Cinétique Michaëlienne 1
Cours 3 Cinétique Michaëlienne 2
Cours 4 Théorie de l'état de transition
TD Cinétique Michaëlienne 1 (Exercices)
TD Cinétique Michaëlienne 2 (Exercices)
Cours 5 Pharmacologie
Cours 6 Inhibitions
TD Inhibitions (Exercices)
Cours 7 Enzymes à 2 substrats
TD Enzymes à 2 substrats (Exercices)
Bibliographie :
Enzymologie moléculaire et cellulaire (tome 1 et 2) par Jeannine Yon-Kahn - Guy Hervé
Enzymologie et applications par Jean-Pierre Sine
330ME06BI - Bioinformatique structurale niveau I (3 ECTS) Enseignants : Flatters D., Fuchs P.
Responsable pédagogique : Fuchs P.
Objectif :
L'objectif de cet enseignement est de fournir les bases indispensables pour comprendre les principes gouvernant les techniques
de modélisation moléculaire. Ces techniques sont utilisées lors des étapes d'affinement des structures
élaborées par les techniques biophysiques classiques (RX, RMN). Seront décrites les approches permettant
le calcul théorique de différentes propriétés physico-chimiques étudiées expérimentalement.
Programme :
Champ de forces semi-empirique. Mécanique Moléculaire
Description des forces debase
Potentiels harmoniques (ressort). Interaction électrostatique
Forces de packing et interaction van der waals
Détermination des paramètres de champ de forces
Minimisation d'énergie et méthodes d'exploration de l'espace conformationnel
Méthodes de simulation :
Introduction
Dynamique Moléculaire
Calculs de propriétés différentes
Mesures de quantitédynamique
Estimation des erreurs