UEs 2ème SEMESTRE PARCOURS BIOLOGIE INFORMATIQUE

UE1 - Les omiques (3 ECTS)
Responsable : Bertrand Cosson

Résumé du programme :

Connaissance des méthodes d’acquisition de données génomiques, protéomiques, métabolomiques. Connaissance des méthodes d’exploration et d’analyse de données homogènes

Savoir dessiner un plan expérimental simple pour l’analyse de données haut débit. Capacité à explorer et analyser des données homogènes. En étroite relation avec l’UE 2 Biostatistiques appliquées

UE2 - Graphisme moléculaire (1 ECTS)
Responsable : Gautier Moroy

Résumé du programme :

Prendre en main d'un logiciel de graphisme moléculaire pour être capable de visualiser et d'analyser la structure tridimensionnelle de macromolécules biologiques.

UE3 - Biologie computationnelle (3 ECTS)
Responsable : Khashayar Pakdaman

Résumé du programme :

Initiation aux méthodes de la biologie computationnelle exploration des développements récents de ce domaine

UE4 - Neurosciences computationnelles (3 ECTS)
Responsable : Selim Eskiizmirliler

Résumé du programme :

Donner une formation de base dans le domaine des Neurosciences et des Neurosciences Computationnelles.
L'étude du système nerveux central est effectuée de bas en haut, c.à.d. commençant par la description du fonctionnement d'un neurone, de la formation du potentiel d’action, de sa transmission allant jusqu'à l'étude des structures anatomophysiologiques de certains aspects principaux du contrôle sensori-moteur des mouvements volontaires ainsi que de l’apprentissage (plasticité synaptique), LTP, LTD, Vision, Sommeil. Les dernières avancées dans le domaine de l'Interface-Cerveau-Machine seront également exposées et discutées. Pendant les TPs les simulateurs "Neuron" et "Brian" seront utilisés afin de compléter ce contenu théorique par des expérimentations en simulation.

UE5 - Programmation avancée (6 ECTS)
Responsable : F. de Montgolfier

Résumé du programme :

L’objectif principal de cet enseignement est d'une part de se perfectionner dans les concepts de programmation (structures de données, entrées/sorties, gestion mémoire, récursivité...) à la suite des cours du premier semestre, et d'autre part de les appliquer en faisant réaliser aux étudiants un projet informatique ambitieux en rapport direct avec la biologie. Ce projet est divisé en modules illustrant les concepts abordés en cours et est réalisé en langage C.

UE6 - Biostatistiques 5 : Estimation, modèles statistiques (3 ECTS)
Responsable : L. Regad

Résumé du programme :

Savoir utiliser les différentes approches d’estimation des paramètres d’un modèle - Savoir trouver quel modèle statistique doit être mis en place pour analyser un jeu de données- Acquérir les compétences théoriques nécessaires pour mettre en place un modèle de régression et de classification - Savoir mettre en place et évaluer un modèle de régression linéaire et de régression logistique- Savoir choisir le meilleur modèle statistique- Acquérir les compétences pratiques dans le langage R pour mettre en place un modèle statistique et analyse un jeu de données - Savoir rédiger un script R - Savoir synthétiser ses résultats et savoir rédiger un rapport

UE7 - Bioinformatique (3 ECTS)
Responsable : Karine Audouze/Jean-Christophe Gelly

Résumé du programme :

Acquisition des compétences et des connaissances théoriques et pratiques en bio-informatique.
Capacité à proposer une stratégie de bio-informatique pour résoudre un problème biologique. Maitriser les concepts de la bio-informatique pour l’analyse, la comparaison de séquences biologiques. Comprendre les bases théoriques et méthodologiques de la comparaison des séquences. Aptitude à interpréter les résultats d’une analyse bio-informatique. Application de la bio-informatique aux omiques (génomique ; transcriptomique, protéomique), à la biologie systémique et intégrative et à la biologie structurale.

UE8 - Anglais scientifique (3 ECTS)
Responsable : Carole Champanhet

Résumé du programme :

Dans le cadre de cet enseignement les étudiants vont :
- apprendre à faire un exposé sur un sujet scientifique ou général
- s’exercer à participer à une discussion à partir d’un exposé
- enrichir leur vocabulaire général et scientifique (autour des thèmes tels que movement and change, frequency, structures and processes, ainsi qu’à partir de la presse anglo-saxonne : Scientific American, Discover, etc),
- approfondir leurs connaissances grammaticales
- s’exercer à la compréhension orale à partir d’exposés scientifiques donnés par des anglophones (audio- vidéo-cassette et radio)
- apprendre à rédiger dans le style scientifique anglais.
Tous les étudiants quel que soit leur niveau suivront la même trame pédagogique, dont l’objectif le plus concrètement visé est de développer les capacités nécessaires pour la participation aux conférences scientifiques en anglais et à un séjour professionnel dans un pays anglophone. La consolidation et le développement des connaissances grammaticales s’effectueront prioritairement dans le cours de niveau moins élevé.

UE9 - Spécialisation (6 ECTS)
2 ECs au choix parmi celles proposées
Responsable : A. Badel

EC1 -Text Mining (3 ECTS)
Responsable : Khashayar Pakdaman

Résumé du programme :

Connaissance et pratique des diverses approches de text mining et de leurs applications biomédicales

EC2 - Stage (3 ECTS)
Responsable : Anne Badel

Résumé du programme :

Durée : 1 mois minimum au cours du semestre 6
Le choix du laboratoire et du sujet est effectué en accord avec les responsables du L3.

EC3 - Engagement étudiant (3 ECTS)
Responsable : Florent Busi

Résumé du programme :

Vous exercez ou souhaitez le faire :
o une activité au sein d’une association de solidarité à l’intérieur ou à l’extérieur de l’université
o un rôle de responsable dans une organisation à but sportif ou culturel
o un mandat d’élu dans les instances de l’université en ayant suivi la formation qui vous est proposée
o un tutorat d’accompagnement pédagogique, d’accueil des étrangers, de Cap en fac.

Votre engagement est solidaire-citoyen + bénévole + laïque.
Vous validez votre engagement par 3 crédits sans note

Vous devrez alors suivre cette procédure :


Il est impératif de se procurer le "Guide de l’engagement" sur le site de l’université ou à la scolarité de l'UFR qui contient toutes règles à suivre et informations nécessaires.
Vous pouvez trouver toutes informations sur les associations et la VEE :
- Bureau de la Vie Etudiante RDC bat A des Grands Moulins
- vee@univ-paris-diderot.fr
- florent.busi@univ-paris-diderot.fr