Cet enseignement permettra d’acquérir la connaissance des mécanismes universels qui dirigent la transmission, la maintenance et l’expression des génomes, de connaître les outils techniques qui en découlent.
- Structure des acides nucléides et organisation des génomes
- Structure de la chromatine
- Réplication, recombinaison et réparation de l’ADN
- Transcription (initiation, synthèse et maturation des ARN)
- Etudes des protéines et de leurs interactions
- Régulation de la transcription et de la traduction
- Etude d’un modèle de régulation intégrée
UE2 - Génétique des eucaryotes et des procaryotes (4 ECTS) Responsable : Philippe Silar
Résumé du programme :
Cet enseignement permettra de savoir interpréter des résultats de croisements génétiques chez les procaryotes et les eucaryotes (y compris chez l’homme). De savoir travailler en groupe et d’apprendre à s’exprimer clairement à l’oral et à l’écrit
Connaître la régulation des principales voies métaboliques. Aspects physiologiques de la régulation du métabolisme énergétique. Présentation des principales voies métaboliques, en donnant priorité à la régulation des enzymes clés. Intégration des voies métaboliques dans le contexte d'un tissu ou d'un organisme multicellulaire (ex. des mammifères).
Connaître les principales réactions, et les mécanismes réactionnels associés, permettant la création de liaisons carbone-carbone ou carbone-hétéroatome..
- MODIFICATIONS du SQUELETTE CARBONÉ : Alkylation, arylation d'un carbonyle ; Alkylation en alpha d'un carbonyle ; Alkylation en beta d'un carbonyle ; Alkylation d'un aromatique ; Réaction de Wittig.Electro-cyclisation (Diels-Alder).
- AMÉNAGEMENT FONCTIONNEL : Création de liaison C-O ; Création de liaison C-N ; Création de liaison C-X ; Création de liaison C-H ; Créations de liaisons C-S, C-P.
- SYNTHÈSE ORGANIQUE : Principes de l'analyse rétro-synthétique -Protections de fonctions- Exemples de synthèses multi-étapes
UE5 - Base de la programmation (6 ECTS) Responsable :
Résumé du programme :
Acquisition des bases de la programmation impérative
Le cours couvre tous les aspects fondamentaux de la programmation, à l'exception de la compilation séparée et des pointeurs de fonctions.
- types, variables, expressions, types de base,
- structures de contrôle,
- définitions de fonctions, passage par valeur,
- tableaux et chaînes de caractères, tableaux multidimensionnels,
- pointeurs, arithmétique des pointeurs,
- allocation dynamique,
- types de structures et d’unions,
- listes chaînées, arbres binaires et programmation récursive.
Les exemples sont réalisés à l’aide du langage C ou d’un autre langage non orienté objet.
UE6 - Algorithmique (3 ECTS) Responsable : Yan Jurski
Résumé du programme :
Introduction de la notion de complexité algorithmique et présentera des méthodes générales pour la conception d'algorithmes efficaces. Dans la première partie, on s'intéressera au problème fondamental du tri d'un ensemble de valeurs/objets, en présentant différents méthodes (tris élémentaires, le tri fusion, le tri rapide...) dont les complexités seront évaluées et comparées. Dans la seconde partie, on s'intéressera aux structures arborescentes qui permettent entre autre d'obtenir des algorithmes efficaces pour la recherche d'une donnée dans un ensemble. En particulier, on présentera la structure de tas, les arbres binaires de recherche, les fonctions de hachage.
UE7 - Base de données (3 ECTS) Responsable : Cristina Sirangelo
Résumé du programme :
Apporter aux étudiants les connaissances théoriques, techniques et pratiques pour leur permettre de concevoir, d’implémenter et d’interroger une base de données relationnelle.
Notions d’architecture d’un système de gestion de bases de données- Modélisation de base de données- Transformation de modèle en définition de données SQL
- Insertion, suppression et modification de données- Interrogation des bases de données relationnelles : le langage de requêtes SQL.
Un projet de bases de données sera à réaliser dans le cadre de cet enseignement.
UE8 - Biostatistiques 3 (3 ECTS) Responsable : A. Badel
Résumé du programme :
Définir et interpréter l'estimation de paramètres - Identifier et appliquer différents tests d'hypothèses - Reconnaitre et analyser les plans factoriels - Utiliser le langage R - Créer et comprendre des scripts permettant de répondre à une question - Résumer une analyse lors d'une présentation orale - Organiser une analyse critique et la présentation de résultats statistiques
Analyse de variance- Plan factoriel- Tests non paramétriques- Outils statistiques pour l’analyse des omiques (volcano plot, heatmap, z-score …)
Pratique du langage R, comme outil statistique et comme langage de programmation