Présentation de la formation
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Une formation à l’interface des Sciences du Vivant et de l’Informatique
L’objectif est de former des chercheurs et des ingénieurs d'excellence dans les techniques modernes de la bioinformatique oeuvrant dans les domaines biologiques actifs de la génomique, du transcriptome, du protéome mais aussi de la biologie systémique, domaine en émergence.
La formation vise à doter les étudiants non seulement de solides compétences théoriques sur les nouvelles approches biologiques et bioinformatiques actuelles, mais aussi de compétences pratiques grâce à la réalisation de nombreux projets individuels ou collectifs. A l’issue de leur formation, une autonomie et une capacité de gestion de projets en adéquation aussi bien avec le travail dans un laboratoire académique qu’en entreprise doivent être acquises. Cet aspect est renforcé dans la formation actuelle grâce à de nouveaux modules informatiques et professionnalisant aussi bien en M1 qu’en M2. Du point de vue biologique, l’accent est mis sur l’aspect intégratif des approches allant du génome au métabolome via le transcriptome et le protéome. L’évolution extrêmement rapide des techniques et le recouvrement de plus en plus grand des champs explorés justifie ce choix.
Le master Biologie-Informatique/Bioinformatique (BIB) se place donc dans une perspective pluridisciplinaire associant les domaines des Sciences du Vivant et de l’Informatique.
Une formation de qualité répartie sur deux années
Une première année de master qui allie théorie et pratique
La première année M1 du master Biologie-Informatique/Bioinformatique se présentera sous la forme :
- d'un premier semestre (S1) de formation de base composé d'un tronc commun d'enseignements de Bioinformatique, de Biologie Structurale et de Génomique , assurés par les enseignants de l'UFR Sciences du Vivant et de l’UFR d’Informatique
- d'un second semestre (S2) de spécialisation composé d’une UE de Simulation en Biologie, d’une UE de spécialisation (quatre options au choix) et d’une UE de professionnalisation incluant un stage pratique de 3 mois dans un laboratoire de recherche ou du privé, français ou étranger.
Un apprentissage de la recherche et du travail en entreprise en seconde année
- Le premier semestre dit «semestre d’approfondissement», comporte une formation théorique approfondie accompagnée d’une mise en pratique sous forme de projets (personnels ou binômes). Le semestre comprend 5 UE obligatoires et 1 UE d’option. L’enseignement regroupe les 3 thèmes majeurs de la bioinformatique, qui va de l’analyse des données de génomes, du transcriptome, à l’exploration structurale in silico des biomolécules jusqu’à la biologie intégrative. Les projets (bio)-informatiques sont de complexité croissante. Ils visent à renforcer les compétences techniques, à développer les capacités d’analyse et de synthèse de l’étudiant, à le familiariser au travail en équipe afin de le préparer aux contraintes du monde professionnel.
- d'un second semestre (S2) de spécialisation composé d’une UE de Simulation en Biologie, d’une UE de spécialisation (quatre options au choix) et d’une UE de professionnalisation incluant un stage pratique de 3 mois dans un laboratoire de recherche ou du privé, français ou étranger.
La participation importante de scientifiques, d’enseignants-chercheurs et chercheurs d’EPST (CNRS, INSERM, INRA) dans les domaines de la génomique, du protéome et du transcriptome est un élément essentiel dans cette formation à et par la recherche.